• Fenomén darovaných lidí v českých zemích 11.-12. století. K poznání hospodářských a sociálních dějin českých zemí v době knížecí. Praha 2003. Desktop Publishing UK FF, 287 s.. (publikovaná zkrácená verze doktorské disertace, k hodnocení viz recenze doc. Libor Jan, in: Časopis Matice Moravské 123/2004, s. 202-205.)

• M.-J. Lagrange. Bible a historická metoda, Praha 2005. Krystal OP. Kritická biografie zakladatele moderní biblické vědy (106 s.) a vlastní překlad klíčových textů z francouzštiny (78 s.).

• Výklad Bible v době (anti-)modernistické krize: Život a dílo Vincenta Zapletala OP (1867-1938), Praha 2006. Krystal OP. Detailní (273 s.) a kritická biografie pozapomenutého českého učence se opírá o vlastní archivní výzkum v Římě, Fribourgu, Vídni a Praze.

• Le Pere Vincent Zapletal O.P. (1867-1938). Portrait d´un exegete catholique. Studia friburgensia - Series historica 6, Fribourg 2007. (ISBN 978-2-8271-1026-1). Publikovaná licenciátní práce (obhájená v červnu 2005) z důvodu rozsahu vynechává 10 nejdramatičtějších let (1903-1914) života českého exegety, které český čtenář najde v kompletní české biografii z roku 2006.

• Bible a moderní kritika. Česka a světová progresivní exegeze ve víru (anti-) modernistické krize. Praha (Vyšehrad) 2011 (ISBN 978-80-7429-248-4), 347 s.

II. Články, studie a příspěvky do sborníků

• Několik poznámek k problematice „darovaných“ osob v českých zemích 11. a 12. století, in: Časopis Národního Muzea, řada historická 168/1999, s. 23-44.

• Rustici, hospites, duces. K problému svobodných rolníků v Přemyslovských zemích 11. a 12. století, in: ČNM, řada historická 171/2002, č. 3-4, s. 137-164.

• Hlídači kostela, zvoníci a dušníci v českých zemích 11.-12. století, in: Kuděj. Časopis pro kulturní dějiny 2003/1, s. 3-11.

• Osud, člověk a dějiny ve 12. století: Vincencius, Jarloch a jejich pohled na lidský úděl, in: ČNM, řada historická 173/2004, č. 1-2, s. 9-19.

• Člověk v dějinách spásy v díle Ireneje z Lyonu (Poznámky k některým aspektům jeho historického a antropologického myšlení), in: Sborník KTF sv. VI., Praha 2004, s. 222-244.

• Pozapomenutý český učenec Vincenc Zapletal OP aneb katolickým biblistou v období krize. in: ČNM, řada historická 174/2005, č. 3-4, s. 174-224.

• Církevní velkostatek, nevolníci a evangelium. K vztahu církevních institucí a sociální struktury českých zemí 11.-12. století. in: Sborník KTF sv. VII, Praha 2005, s. 340-363.

• Proč a jak vznikají církevní řády? Pierre Mandonnet OP a spor o výklad církevních dějin, in: SALVE 1/2006. Revue pro teologii a duchovní život, s. 101-118.

• Dominikánská biblická škola v Jeruzalémě a dvojí tvář církevní politiky Francouzské republiky v letech 1880-1922. in: Sborník KTF, sv. VIII., Praha 2006, s. 94-120

• Česká církev, výzvy 19. věku a pražská provinční synoda roku 1860, in: Neklidem k Bohu. Náboženské výtvarné umění v Čechách a na Moravě v letech 1870-1914. eds. Aleš Filip a Roman Musil. Praha 2006, s. 27-58

• Politické a společenské problémy v myšlení prof. Vincenta Zapletala OP; in: Osobnost v církvi a politice. Čeští a slovenští křesťané ve 20. století. eds. Pavel Marek a Jiří Hanuš, Brno 2006, s. 134-145.

• Svatí, ostatky a anima separata u Tomáše Akvinského, in: Světci a jejich kult ve středověku, Sborník KTF UK. Dějiny umění - historie IV, Praha 2006, s. 13-25

• Josef Pekař a kořeny jeho postoje k náboženské revoluci v počátcích Československé republiky, in: Z plnosti Kristovy. Sborník k devadesátinám Oto Mádra, ed. E. Krumpholc - J. Poláková - C.V. Pospíšil, Praha 2007, s. 256-266.

• Katolická exegeze, církev a historicko-kritická metoda na přelomu 19. a 20. století, in: O Božím Slově, kol. autorů, Praha 2007, s. 88-110.(ISBN 978-80-86885-03-2)

• Katolická církev, historie a tomismus na počátku 20. století: medievisté a zrození „nové teologie“. in: Od knížet ke králům. Sborník u příležitosti 60. narozenin Josefa Žemličky, Praha 2007, s. 523-535. (ISBN 978-80-7106-896-9)

• Na cestě k Dei Verbum: M.-J. Lagrange, inspirace a pravdivost Bible, in: Sborník KTF UK, sv. IX, Praha 2007, s. 68-92. (ISBN 978-80-246-1331-4)

• Arcibiskup a „jeho modernista“: E.I. Mignot a A. Loisy – příběh zapovězeného přátelství, in: SALVE 3/2007. Revue pro teologii a duchovní život, s. 63-83. (ISSN 1213-6301

• Zpráva královéhradeckého biskupa Josefa Doubravy o modernismu z roku 1906 , in: SALVE 3/2007. Revue pro teologii a duchovní život, s. 123-129. ((ISSN 1213-6301)

• O wybranych osobistosciach czeskiego kleru katolickiego w okresie krysyzu modernisticznego, in: Studia Teologiczno-Historyczne Slaska Opolskiego 27/2007, s. 105-119. (ISSN 0137-3420).

• Církev, právo a finalita lidské existence u Tomáš Akvinského: Několik poznámek ke zdrojům, smyslu a závaznosti církevního práva, in: Sacri canones servandi sunt. Ius canonicum et status ecclesiae saeculis XIII-XV. Ed. Pavel Krafl, Praha 2008, s. 127-138. (ISBN: 978-80-7286-121-7).

• Jak interpretovat a jak realizovat království Boží v dějinách? Stručná historie jednoho zásadního biblického konceptu, in: Benedikt Thomas Viviano: Království Boží v dějinách, Praha 2008, s. 159-171. (ISBN 978-80-7021-921-8).

• Čas vznikání a čas zanikání. Několik poznámek k minulosti ženských řeholních kongregací na území diecéze Hradec Králové a vůbec, in: In Spiritu Veritatis. Almanach k 65. narozeninám Dominika Duky OP, Praha 2008, s. 539-561. (ISBN 978-80-87183-02-1).

• Národní identita v době nacionálního napětí: katolický teolog mezi češstvím a němectvím na přelomu 19./20. století, in: Všechno je milost, Sborník k poctě 80. narozenin Ludvíka Armbrustera, ed. Vojtěch Novotný, Praha 2008, s. 557-572. (ISBN 978-80-246-1505-9).

• Demokracie, monarchie, republika: římská kurie a politické zápasy v době (anti-)modernistické krize, in: Teorie a praxe politického katolicismu 1870-2007, ed. Pavel Marek, Brno 2008, s. 34-59. (ISBN 978-80-7325-152-9).

• Církev doby Pia XII., in: SALVE 3/2008. Revue pro teologii a duchovní život, s. 7-20. ((ISSN 1213-6301).

• Papež Pius XII. a biblická otázka. Geneze a poselství encykliky Divino afflante Spiritu, in: SALVE 3/2008. Revue pro teologii a duchovní život, s. 77-97. ((ISSN 1213-6301).

• Mír, církev a spása: papežství a teologické předpoklady přijetí vestfálského míru, in: Od konfesijní konfrontace ke konfesijnímu míru. Sborník z konference k 360. výročí uzavření vestfálského míru. Ed. Jiří Hrbek, Petr Polehla, Jan Zdichynec, Ústí nad Orlicí 2008, s. 152-165. (ISBN 978-80-7405-035-0).

• Historické souvislosti vzniku Tovaryšstva Ježíšova: několik poznámek k velkému tématu, in: Jezuité ve východních Čechách, ed. Jan Hojda a Petr Polehla, Hradec Králové 2009, s. 7-15. (ISBN 978-80-87363-00-3).

• Hradečtí biskupové a jejich katedrála Svatého Ducha v relacích ad limina v letech 1675-1923, in: Chrám svatého Ducha a královna Eliška Rejčka v Hradci Králové 1308-2008, Historická tradice v dějinách města, ed. Jiří Štěpán, Ústí nad Labem 2009, s. 41-52. (ISBN 978-80-7405-060-2).

• Od vědecké exegeze k psaní beletrie. Biblické romány Vincenta Zapletala OP, in: Studia theologica 11/2009, č. 3, s. 48-62. (ISSN 1212-8570).

• Historický kontext vzniku a rozšíření katechismů v 16. století, in: O katechezi, kolektivní monografie, kol. autorů, Ústí nad Orlicí 2009, s. 51-68. (ISBN 978-807405-061-9).

• Pravda se nemá čeho bát. Stručné dějiny Jeruzalémské biblické školy, SALVE 3/2009. Revue pro teologii a duchovní život, s. 19-46. ((ISSN 1213-6301).

• Pavel Jäger – Lukáš Nosek – Tomáš Petráček, Ve službě Písmu a církvi: čeští studenti Jeruzalémské biblické školy, SALVE 3/2009. Revue pro teologii a duchovní život, s. 55-117. ((ISSN 1213-6301).

• Národ a církev: role kněží a církve v národním obrození, in: Vlastenectví, církev a společnost v proměnách 19. a 20. století, ed. Jiří Mach, Dobruška 2009, s. 43-55. (ISBN 978-80-254-5633-0).

• Počátky historicko-kritické metody v zápasech (anti-)modernistické krize, in: Dejinnosť teológie, Zborník z medzinárodnej vedeckej konferencie, ed. Vladimír Juhás, Košice 2009, s. 7-39. (ISBN 978-80-89232-75-2).

• Moderna, laicita, církev. Fenomén francouzské církve v 19. a 20. století, in: SALVE 4/2009. Revue pro teologii a duchovní život, s. 7-31. (ISSN 1213-6301).

• Věřící, ateisté, fideisté v době (anti-)modernistické krize, in: Ateismus. Teologická reflexe, Hradec Králové 2009, s. 69-89. (ISBN 978-80-87363-02-7).

• Emancipace, liberalismus a identita: Židé a evropské státy 19. století, in: Monoteistická náboženství a stát, Karel Sládek a kol., Červený Kostelec 2009, s. 83-97. (ISBN 978-80-87378-19-9).

• Katolická církev, evropská společnost a proměny státního zřízení v 19. a 20. století, in: Monoteistická náboženství a stát, Karel Sládek a kol., Červený Kostelec 2009, s. 99-117. (ISBN 978-80-87378-19-9).

• Svatý kníže Václav a sociální problémy jeho doby, in: Svatý Václav. Na památku 1100. výročí narození knížete Václava Svatého, ed. Petr Kubín, Praha 2010, s. 89-102. (ISBN 978-80-87258-23-1).

• Církev, biskupové a jejich rezidence, in: Biskupská rezidence v Hradci Králové, Hradec Králové 2010, s. 14-24. ISBN 978-80-86472-45-4.

• Rezidence hradeckých biskupů v relacích ad limina, in: Biskupská rezidence v Hradci Králové, Hradec Králové 2010, s. 63-70. ISBN 978-80-86472-45-4.

• Reliquien, Heilige und anima separata bei Thomas von Aquin, in: Die Heilige und Ihr Kult im Mittelalter, Ed. Eva Doležalová et al., Colloquia mediaevalia Pragensia 11, Praha 2010, s. 11-25. ISBN978-80-7007-292-9.

• Kněžství, kněží a dějiny. Několik poznámek k proměnám forem kněžského života v moderní době, in: SALVE 2/2010. Revue pro teologii a duchovní život, s. 25-35. (ISSN 1213-6301).

• C´est ? l´université que l´avenir se prépare: M.-J- Lagrange et V. Zapletal et leur réflexion sur la mission de l´ordre dans la modernité, in : Mémoire dominicaine. Histoire – Documents – Vie dominicaine, 25/2010, s. 125-140.

• Evangelium, církev a žena: několik tezí k postavení ženy ve středověkém křesťanstvu, in: Církev, žena a společnost ve středověku. Sv. Anežka a její doba. Ústí nad Orlicí 2010, s. 79-85. (ISBN 978-80-7405-082-4).

• Traditions and Modern Science. Transformations of understanding inspiration and infallibility of the Scripture in the Catholic Church, in: European Journal of Science and Theology, 6 (2010), Nr. 4, s. 21-33. ISSN 1841 – 0464.

• Chudoba jako prokletí a ctnost: proměny chápání a hodnocení chudoby v děijnách Západu, in: Různé tvíře chudoby. Teoretické reflexe. Kolektivní monografie, Hradec Králové 2010, s. 7-18. (ISBN 978-80-86472-49-2).

• Katolická církev, historici a církevní dějiny, in: Církevní dějiny 3, č. 6, 2010, s. 119-126. (ISSN 1803-0068).

• Několik poznámek k problematice kněží a totalitní státní moci v historickém kontextu. In: SALVE 1. Revue pro teologii a duchovní život, 2011, s. 7–16

• Václav Šanda jako biblista. In: Studia theologica, 2011, 13, č. 4, s. 25–41

• Historické kořeny českého proticírkevního resentimentu. Cesty katecheze č. 3, 2011, s. 22–24

• The École biblique and its influence on Czech Catholic Exegesis and Church. In: Revue biblique č. 4, 2011, s. 575–594

• Církev, biskupové a jejich rezidence. In: Biskupská rezidence v Hradci Králové. Hradec Králové (Garamond) 2010 (ISBN 978-80-86472-45-4), s. 14–24

• Rezidence hradeckých biskupů v relacích ad limina. In: Biskupská rezidence v Hradci Králové. Hradec Králové (Garamond) 2010 (ISBN 978-80-86472-45-4), s. 63–70

• Minulost, vina a usmíření. Život P. Josefa Čiháka na pozadí osudů české církve druhé poloviny 20. století. Kněz Josef Čihák. Hradec Králové (Biskupství královéhradecké – Diecézní teologický institut) 2011 (ISBN: 978-80-260-1558-1), s. 114–124

• Inkvizice kacířských nepravostí. Inkvizice jako nástroj ideové kontroly a represe v transkulturní perspektivě. SALVE 4. Revue pro teologii a duchovní život (ISSN 1213-6301). Praha (Krystal OP) 2011, s. 9–25

• Inkulturation und Rezeption des Christentums am Beispiel der tschechischen Geschichte. Kontextualitat des evangeliums. Regensburg (F. Pustet) 2012 (ISBN 978-3-7917-2464-2), s. 103–117

• Jezuita George Tyrrell a katolicismus mezi modernismem a medievalismem. SALVE. Revue pro teologii a duchovní život (ISSN 1213-6301). Praha (Krystal OP) 2012 s. 9–17

Studie k regionálním dějinám

• Hořice a několik okolních vsí poprvé v dějinách, in: Pod Zvičinou r. XIV, č. 5/1996, s. 7-9.

• Španělská mystika a česká vesnice (socha sv. Terezie v Chodovicích), in: Pod Zvičinou r.XV., č. 4/1997, s. 8-9.

• Hořické panství za Smiřických, in: Pod Zvičinou, r. XVI., č. 1/1998, s. 5-8, 2/1998, s. 4-8.

• Život na Hořicku v letech 1848-1918 očima místních katolických duchovních, in: Pod Zvičinou XVI., č. 4/1998, s. 4-11, 5/1998, s. 7-15.

• HOLOVOUSY. DĚJINY OBCE. Část: Od prvních zmínek k roku 1918, Holovousy 1999, s. 11-81.

• Tomáš Petráček – Marcel Tomášek, Průzkum hrádku Buštěhrad, k.ú. Doubrava, okr. Jičín, in: Pojizerský sborník 4/1999, s. 93-102.

• Tomáš Petráček – Marcel Tomášek, Příspěvek k lokalizaci zaniklé vsi Vyželec, in: Pojizerský sborník 4/1999, s. 109-114.