Pokoncilní knihovnu založil v roce 1968 po svém návratu z II. vatikánského koncilu kardinál František Tomášek původně jako Knihovnu liturgické pokoncilní obnovy a sídlila přímo v pražském arcibiskupském paláci na Hradčanech. Fungovala tehdy jako jedinečný zdroj teologické a exilové literatury pro kněží a farníky. Přírůstky získávala prakticky výhradně z darů zahraničních mecenášů.

S nástupem Kardinála Miloslava Vlka přešla knihovna do správy České křesťanské akademie, která zajistila její rozvoj a přeměnu v odbornou, moderní a veřejnosti otevřenou knihovnu. Až do roku 1996 zůstávala stále ještě v budově Arcibiskupského paláce. Teprve v roce 1996 došlo z důvodu jeho rekonstrukce k přestěhování knihovny na dnešní adresu v Dejvicích a téhož roku se také knihovna otevřela širší veřejnosti. V následujícím roce 1997 pak byla na popud Miloslava kardinála Vlka přejmenována na Centrální katolickou knihovnu.

Na základě smlouvy o správě Centrální katolické knihovny (CKK) uzavřené mezi Arcibiskupstvím pražským (AP) a Katolickou teologickou fakultou UK (KTF UK) došlo dne 28. 2. 2005 ke sloučení dvou do té doby samostatných knihoven – Centrální katolické knihovny a fakultní knihovny KTF.

Rozsáhlou knižní pozůstalost odkázal „své“, tedy naší, knihovně.