Anthropologia sacra: Origini dellˈantropologia teologica nellˈortodossia veteroprotestante. Milano: Casa Editrice ITL-Centro Ambrosiano, 2014. 196 p. ISBN 978-88-7836-463-9

Cur homo? A history of the thesis concerning man as a replacement for fallen angels. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2014. 184p. ISBN 978-80-246-2519-5

Teologie ve stínu: Prolegomena k dějinám české katolické teologie druhé poloviny 20. století. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2007. 220 p. ISBN 978-80-246-1308-6

Katolická teologická fakulta 1939–1990: Prolegomena k dějinám české katolické teologie druhé poloviny 20. století. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2007. 524 p. ISBN 978-80-246-1369-7

Maximální křesťanství: Adolf Kajpr SJ a list Katolík. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2012. 446 p. ISBN 978-80-246-2047-3

„Běda církvi...“: Bonaventura Bouše burcující. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2012. 612 p. ISBN 978-80-246-2009-1

NOVOTNÝ, Vojtěch – VAŇÁČ, Martin – KUNŠTÁT, Miroslav. Biografický slovník katolických teologických fakult v Praze 1891–1990. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2013. 287 p. ISBN 978-80-246-2436-5

Odvaha být církví: Josef Zvěřina v letech 1913–1967. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2013. 592 p. ISBN 978-80-246-2432-7

Martyr Christi: P. Adolf Kajpr SJ (1902–1959). Praha: Nakladatelství Karolinum, 2020. 538 p. ISBN 978-80-246-4645-9

NOVOTNÝ, Vojtěch (ed.). Česká katolická eklesiologie druhé poloviny 20. století. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2007 (Opera Facultatis theologiae catholicae Universitatis Carolinae Pragensis: Theologica et Philosophica. Svazek 10). 280 p. ISBN 978-80-246-1493-9; ISSN 1802-9159

NOVOTNÝ, Vojtěch (ed.). Všechno je milost: Sborník k poctě 80. narozenin Ludvíka Armbrustera. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2008 (Opera Facultatis theologiae catholicae Universitatis Carolinae Pragensis: Theologica et Philosophica. Svazek 11). 595 p. ISBN 978-80-246-1505-9; ISSN 1802-9159

KAJPR, Adolf. Ministerium verbi: Kázání o mši svaté, o posledních věcech člověka a o rozličných aspektech víry. K vydání připravil Vojtěch Novotný. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2017. 526 s. ISBN 978-80-246-3468-5

KAJPR, Adolf. Pronikám do Boha: Dopisy z nacistického a komunistického žaláře / So dringe ich in Gott: Briefe aus der NS-Haft und aus dem kommunistischen Gefängnis. K vydání připravili / Herausgegeben von Vojtěch Novotný – Jana Maroszová. Praha: Nakladatelství Karolinum, 2020. s. ISBN 978-80-246-4713-5

KAJPR, Adolf. Přítomnost je vlastním Božím časem. Olomouc: Refugium Velehrad-Roma, s.r.o., 2021. 375 s. ISBN 978-80-7412-404-4